圣岛碎片遗迹对应的是云野右侧圣域群岛的大编钟记忆碎片任务，完整收集六处碎片后，固定可以获得六颗普通爱心，即每提交一处碎片获得一颗爱心；同时会逐步解锁六段剧情动画，修复岛中央的编钟遗迹，并召唤小型蝠鲼、普通蝠鲼、巨型蝠鲼等光之生物。全部任务完成后，遗迹会恢复成可互动的大编钟，六个钟分别对应不同音符，但碎片本身不能兑换普通蜡烛、季节蜡烛或光之翼，也没有额外提升斗篷等级的效果。
获取奖励的正确顺序是进入圣域群岛、找到大编钟遗迹旁的圣岛向导先祖、领取任务、点燃线索壁画附近的白色蜡烛，再按照壁画显示的位置寻找发出淡绿色光芒的编钟碎片，拿到后返回向导处提交。新玩家通常需要先从云野蝴蝶平原右侧云层通道进入圣域群岛，部分入口还要求先完成云野区域的先祖解锁；任务必须在圣岛向导处开启，不能只在遇境查看任务。前一处碎片没有提交，后一处任务不会开放，因此不要拿到碎片后直接离开，必须完成“领取任务—查看壁画—收集碎片—返回提交”的完整循环。
六处碎片的位置按任务顺序分布在瀑布、浮岛和山洞中：第一处在主岛大瀑布后方，第二处在北侧中间带空洞的浮岛内，第三处在瀑布底部的水流洞窟中，第四处在大编钟后方三座鱼尾雕像附近，绕到雕像后方即可找到，第五处位于水帘之后的主岛山洞内，靠近沉船残骸，第六处则在云层上方最高的浮岛、瀑布水池附近。第五、六处对飞行路线要求更高，建议先补满能量，再利用云层、喷泉和蝠鲼前进；能量不足时不要连续长距离上升，和队友牵手或让队友在途中补充能量会更稳定。
只想快速获得爱心时，优先完成前四处任务即可先拿到四颗爱心，并顺便解锁后续飞行辅助；想拿满奖励则继续完成第五、六处，最终累计六颗普通爱心。单人玩家适合按照壁画逐处定位，遇到高空碎片时使用喷泉和云层补能量；有固定队友时可以一人带路、一人负责补能量，明显降低第五处和第六处的失败率。六个任务属于一次性收集内容，完成后主要价值是爱心、剧情和遗迹互动，不适合作为重复刷取蜡烛或其他资源的地点。
