口袋妖怪火红普通版可以捕捉的神兽包含急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟、超梦、三圣兽（雷公、炎帝、水君），凤王、洛奇亚、代欧奇希斯需要特殊船票道具才可以解锁捕捉场景。三圣鸟属于定点神兽，位置固定，只要集齐对应的秘传技能就可以前往捕捉，三只神兽等级均为50级，是前期最容易获取的传说宝可梦。闪电鸟藏在华蓝市东侧的无人发电厂最深处，进入发电厂后沿着左侧墙壁行进可以避开多余野生宝可梦，直接抵达神兽所在平台，对战时尽量使用岩石系精灵抵挡十万伏特，将血量压至残血，施加麻痹状态后再投掷精灵球，能够提升捕捉成功率。急冻鸟在双子岛地下四层洞穴，进入洞穴必须携带冲浪与怪力技能，按照推石头的顺序堵住地下水流才能顺利走到最底层，洞内冰面区域会出现滑行打滑，建议提前携带闪光术增加视野，避免在迷宫中绕路，对战不要施加中毒、灼烧状态，防止神兽血量持续消耗直接阵亡。火焰鸟位于一之岛灯火山山顶，通关一周目并且开启七岛区域之后，通过冲浪抵达一之岛，穿过火山洞穴登顶即可触发对战，水系、岩石系招式可以快速压低血量，准备足量高级球慢慢消耗对战回合，回合数越久时间球捕捉概率越高。
超梦是本作强度最高的定点神兽，等级70级，需要通关精灵联盟，并且完成七岛全部主线任务，拿到蓝宝石道具交付给七岛研究员之后，华蓝市北侧的华蓝洞窟才会解锁通行权限。洞窟内部路线错综复杂，野生精灵等级普遍偏高，建议准备高级喷雾用来驱散野怪，节省赶路时间。超梦为超能力属性，擅长自我复原回血技能，对战时优先使用催眠技能封锁回血，恶系、幽灵系招式可以有效克制超梦，尽量不要拖太久回合，避免超梦频繁使用自我复原拉高血量，消耗大量捕捉道具。捕捉前手动存档，一旦失手将超梦击杀，就无法再次刷新出现。
雷公、炎帝、水君三只游走神兽，在通关一周目登入名人堂之后才会在关东全域地图草丛随机刷新，初始选择的初始精灵决定刷新的神兽种类，选择妙蛙种子会刷新炎帝，小火龙对应水君，杰尼龟对应雷公，一局游戏只能刷新其中一只游走神兽。游走神兽每次遇战后大概率直接吼叫逃跑，逃跑后会随机跳转至关东其他城镇草丛，很难追踪位置。可以将等级49级的精灵放在队伍首位，搭配金色喷雾，野外遇怪只会触发神兽，不会碰到普通野怪。遇到游走神兽优先施加催眠或者麻痹，封锁吼叫逃跑技能，快速压低血量，游走神兽无法再次定点刷新，一旦逃跑后追踪难度极大，尽量一次完成捕捉。
凤王、洛奇亚以及代欧奇希斯属于隐藏神兽，普通正常游戏流程无法触发，必须拿到神秘船票与诞生岛船票，前往八之岛肚脐岩和九之岛诞生岛才能触发对战。肚脐岩洞穴顶层可以遇见70级凤王，洞穴底层深处可以捕捉洛奇亚；诞生岛需要反复调查黑色三角陨石，不断以最短路线靠近陨石，陨石变红碎裂后代欧奇希斯便会出现。这三类神兽属于限时事件神兽，原版正常游玩无法获得船票道具，只能借助道具调出船票开启隐藏岛屿。
