建筑合并功能在部落冲突主村庄的商店界面内开启，只有大本营达到对应等级才会解锁合并入口，满足建筑条件后即可在商店选中合并项目完成合成操作。想要调出合并选项，首先需要把大本营提升至解锁等级，没有达到门槛时，商店内只会显示普通建筑与防御的购买选项，不会出现任何合并相关按钮。解锁权限之后，打开村庄右下角的商店面板，切换到防御分类，就能看到多重箭塔与弹跳加农炮这两个合并选项，选中对应项目后，系统会自动识别村庄内符合条件的两座防御建筑，自动匹配待合并的目标，无需手动拖动建筑进行拼接。
完成入口解锁之后，还需要满足硬性条件才能顺利执行合并，参与合成的两座箭塔或者两座加农炮必须达到满级，一旦其中一座建筑等级不达标，合并按钮就会处于灰色锁定状态。整个操作全程都在商店页面完成，选定合并项目并确认目标建筑后，消耗足量金币就能开启建造流程，等待建造工期结束，两座普通防御就会直接转化为高阶合并建筑。需要留意合并机制的限制，这项操作无法撤回，两座建筑一旦融合就不能再次拆分还原，因此在执行合成之前，要提前规划阵型布局，避免后期阵型调整受到限制。很多玩家找不到合并入口，大多是因为大本营等级不足，或是防御建筑没有升到满级，把这两项条件补齐，商店内的合并入口就会正常显示出来。
除了主村庄的合并玩法，建筑大师基地并没有开放同类融合机制，所有合并建筑只适用于家乡村庄的防守布阵。合并后的高阶防御拥有更高血量与群体伤害，箭塔可以同时锁定三名敌军单位，加农炮的攻击还能产生弹射效果，用来抵御人海部队效果极佳。资源分配上，优先合成箭塔会更适配联赛防守，箭塔兼顾对地与对空能力，泛用性远超弹射加农炮。操作时尽量先把两座待合并建筑集中放置在空地附近，防止系统匹配到距离过远的建筑，减少操作失误，合理安排建造工人的工期，避免多组合并建筑同时开工造成工人紧缺，稳步完善村庄的防守体系。
