江南百景图的跨州货物运输主要分为码头船运、盐商短途输送和大运河漕运三类，优先升级各州码头再搭配分批次发货，就能高效完成物资流转，避免船只滞留与仓库爆仓问题。开启基础货运的前提是修复每座城市的码头建筑，废弃码头无法开启航运，投入建材完成修缮后，还可以消耗资源提升码头等级，等级提升后会解锁更多船只仓位，三级码头还能够直接运送完整建筑，突破普通物资的运输限制。进入运输界面需要点开州府大地图，选中空闲船只，选定目标州府，勾选木材、粮食、布匹等物资，确认后船只就会自动航行，抵达目的地后手动收取货物即可完成整趟运输。不同城市之间航行时长固定，不需要额外消耗体力，合理规划发货时间可以大幅提升周转效率。
常规码头货运想要保持流畅，必须遵循人货分离、少量多批的核心规则，物资运输和居民迁移分开安排，人员随船会额外延长航行时长，一旦目的地仓库装满，还会造成人员卡在船上无法下船。每次发货前，提前清理目标城池的仓库空位，优先消耗囤积过剩的原材料，防止货船抵达后物资无法入库，船只长期占用航道。对于开荒阶段的新城，不要一次性满载整船建材，拆分多次运送基础资源，既能保障城池建造稳步推进，又不会出现航道拥堵。除了固定航线的货船，松江府盐商可以作为补充运输渠道，盐商运输不受仓库容量限制，适合转运丝绸、云锦这类跨城刚需材料，只需要控制单次交付物资总量，避免出现交付物资不足导致的结算问题。
长期大量输送特产资源时，还可以解锁扬州府大运河漕运玩法，修复漕运码头之后，通过完成每日司南任务获取通航步数，操控货船停靠沿途港口，完成物资交易，将徽州徽墨、杭州茶叶这类特产批量转运到其他州府。漕运航线可以自由规划，沿途所有停靠点都不要跳过，每一处码头都能兑换稀缺生产材料，把有限的通航步数全部利用起来。整体运输布局需要做好分工，基础建材依靠普通码头航线，稀有特产交给盐商和漕运航线，多条线路错开运行，合理分配各州产出，彻底打通所有城池的物资供应链，让城市生产不会因为材料短缺陷入停滞。
